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Projets contre le Covid-19 | Genci grand équipement national de calcul intensif
Visuel

Chercheurs, vos projets de lutte contre le Covid

peuvent profiter des ressources de calcul en accès prioritaire

 

Dans le cadre des efforts de recherche menés au niveau national pour endiguer l’épidémie de Covid19, GENCI met à disposition des chercheurs académiques et industriels français ses moyens de calcul et de stockage pour leurs travaux de modélisation/simulation, traitement de données et usage de l’intelligence artificielle. 

 

Cela s'applique notamment à la recherche au niveau moléculaire pour comprendre les mécanismes utilisés par le virus et développer des vaccins et des thérapies, à la recherche épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie, et à d'autres approches connexes visant à comprendre et à stopper la pandémie.

 

Si vous êtes un chercheur intéressé par l'utilisation immédiate des ressources de GENCI situées dans les 3 centres nationaux de calcul (TGCC pour le CEA, IDRIS pour le CNRS et CINES pour les Universités) mais aussi par l’accompagnement de vos équipes de support,

 

vous pouvez nous contacter : 


Stéphane Requena

Directeur Technique de GENCI - stephane.requena@genci.fr  - tel : 0607728357 

 

 Supercalculateur Occigen        Supercalculateur Jean Zay       Supercalculateur Joliot-Curie

au CINES                                à l'IDRIS                                au TGCC              

 

 

 

Liste des projets

profitant déjà des ressources de calcul GENCI


ID Centre national Machine  Respnsable scientifique Projet scientifique laboratoire  principal National / PRACE  Compléments labos participants
1 CINES Occigen  Didier Rognan Criblage informatique inédit, permettant de tester virtuellement plus d'un milliard de molécules virtuelles. Un millier des meilleurs candidats seront synthétisés et testés en laboratoire pour leur aptitude à inhiber le SARS-CoV-2  Université de Strasbourg (laboratoire d'innovation Thérapeutique, UMR 7200) National  
2 CINES Occigen  Philippe Roche Criblage d'une chimiothèque de 10,314 composés dédiée aux complexes protéine-protéine.  Centre de Recherche en Cancerologie de Marseille (CRCM) / INSERM  National  
3 IDRIS Jean Zay Pierre-yves Boelle / Vittoria.colizza Surveillance et modélisation de la transmission du virus   Institut Pierre Louis D’Épidémiologie et de santé publique / INSERM National  
4 IDRIS Jean Zay (GPU) Jean-Philippe Piquemal Modélisation de drug design (Solution médicamenteuse)
Modélisation du complexe protéique formé entre la protéine S du COVID 19 et le récepteur cellulaire ACE2 ainsi qu'une protéase
Sorbonne université National  
5 IDRIS Jean Zay Antonio Monari SeekAndDestroy: Recherche d'antiviraux par simulation moléculaire des complexes protéiques du SARS-COV-2; modélisation et simulation moléculaires pour la compréhension de 2 protéines du SARS-COV-2 responsables de la pandémie; Compréhenion de la résistance de la protéine SUD (SARS unique Domain) au système immunitaire CNRS UMR7019 et Université de Lorraine National  
6 IDRIS Jean Zay (GPU) Mounir Tarek Simulation dynamique moléculaire de la chloroquine CNRS UMR7019 National  
7 IDRIS Jean Zay (GPU) Mustafa Tekpinar Modelisation de l'intéraction de protéase SARS-COV-2 avec différents molécules médicamenteuses; Objectif:  Comprendre la stabilité du processus sur des temps de l'ordre de la microseconde Institut Pasteur National  
8 CINES Occigen Elisa Frezza Etude de la  protéine helicase du sars-cov2 Université de Paris 
 Cible Thérapeutique et Conception de Médicaments UMR 8038 CNRS
National  
9 IDRIS Jean Zay (GPU) Gabriel Pires Statistiques en Génomique avec du R sur noeuds larges (768 Go à 2To) Institut Pasteur  National  
10 IDRIS Jean Zay (GPU) Guillaume Herlem modélisation moléculaire de la protéase de la protéine S du COVID-19 qui vient s’accrocher au récepteur ACE2 de la cellule hôte (humaine).      Laboratoire NanoMédecine, Imagerie, Thérapeutique EA 4662 / Besancon National  
11 TGCC Joliot Curie (AMD) Jean-Philippe Piquemal COVID-HP Sorbonne université via PRACE  
13 TGCC Joliot Curie (AMD) Prof. Evangelos Daskalakis Epitope vaccines based on the dynamics of mutated SARS-CoV-2 proteins at all atom resolution  Dep. of Chemical Engineering, Cyprus University of Technology, Cyprus via PRACE  
14 TGCC Joliot Curie (AMD) Dr Gerrit Groenhof,  COVID19: Computational screening and improvement of viral protein inhibitors University of Jyväskylä, Finland via PRACE  
15 TGCC Joliot Curie (AMD) Dr. Jazmín Aguado Sierra CardioVascular-COVID BSC, Spain via PRACE  
16 IDRIS Jean Zay (GPU) Cyril Dousson Coronavirus en modélisation moléculaire + AI  AI-BioPharma    
17 TGCC Joliot Curie (KNL) Juan Torras Computational study to guide the development of new SARS-CoV-2 detection hyper-spectral platforms UPC, Barcelona via PRACE  
18 IDRIS Jean Zay (CPU et GPU) Bernard Maigret 1) recherche de peptide bloqueurs de l'interaction entre la protéine spike virale et son récepteur ACE2 par dynamique moléculaire sur le complexe spike viral/ récepteur ACE2, 2) recherche de molécules organiques "PPI blockers" par criblage virtuel de chimiothèques rassemblant des molécules existantes, 3) validation de l'hypothèse concernant le rôle des antagonistes de l'ACE2 sur la liaison entre cette protéine et le spike viral, 4) recherche de molécules innovantes à l'aide des techniques d'IA Inria National  
19 TGCC Joliot Curie(AMD) Guillaume Balarac évaluation des risques de contamination dans la perspective d'un déconfinement (distance entre les personnes, effet des masques etc) LEGI et CORIA  National  
20 IDRIS Jean Zay (GPU) Emilie Chouzenoux étude COVID : Machine Learning appliqué à imagerie pulmonaire Inria et Supelec National  
21 CINES Occigen Jean Christophe Avarre Adaptive role of minority variants in the emerging CoVid19 epidemic IRD National  
22 IDRIS Jean Zay (GPU nVIDIA) Fabrizio Cleri DNA/RNA/protein interactions for fast anti-viral screening  IEMN, LIMMS-CNRS Tokyo, CPT-CNRS Marseille National  
23 TGCC Joliot Curie AMD  Thierrt Deutsch Advanced protein/ligand binding energy estimator : Understanding the microscopic factors favoring/disfavoring the interaction of the SARS-CoV-2 with new drug inhibitors. CEA National  
24 CINES Occigen Gary Manon Piecewise quadratic growth during the 2019 novel coronavirus epidemic IAP National  
25 TGCC JC (AMD) Dr. Gaetano Sardina COVID-DROPLETS Department of Mechanics and Maritime Sciences, Chalmers University of Technology, Sweden Via PRACE  
26 TGCC JC (AMD) Prof. Modesto Orozco Exploring Covid19 Infectious Mechanisms and Host Selection Process Structural and Computational Biology Program, Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Spain Via PRACE  
27 TGCC JC (AMD) Patrick GUTERL criblage de molécules candidates dans le cadre projet ANR TAMAC Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC UMR7178) National AFMB Marseille et Université de Rennes 1, soutien projet ANR 
28 IDRIS Jean Zay Pachka Hammami Modélisation de la pandémie  UVSQ National Université Paris Saclay et Institut Pasteur 
29 TGCC Joliot Curie GPU demande spéciale DGA COVID19 projet DECOVID pour déconfinement  Direction Générale de l'Armement (DGA) National  
30 TGCC Joliot Curie GPU demande spéciale DGA COVID19 projet COVOICE Direction Générale de l'Armement (DGA) National  
31 IDRIS Jean Zay GPU Olivier Dehaene  développer un extracteur de features spécifique à la tomodensitométrie (CT Scan), afin d’aider la recherche sur le COVID 19  Owkin National  
32 TGCC JC (AMD) A. Duval et K. Petrov agent-based modeling pour modélisation pandémie dans EPAHD Institut Pasteur  National  
33 CINES Occigen  Gautier Moroy modélisation moléculaire lien sars-cov-2 / surface des cellules humaines Laboratoire "Biologie Fonctionnelle et Adaptative", CNRS UMR 8251 National  
34 TGCC JC (AMD) Stephane Zaleski NANODROP Sorbonne université Via PRACE 1Mh, soutien projet ANR 


 

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