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Projets contre le Covid-19 | Genci grand équipement national de calcul intensif
Visuel

Chercheurs, vos projets de lutte contre le Covid

peuvent profiter des ressources de calcul en accès prioritaire

 

Dans le cadre des efforts de recherche menés au niveau national pour endiguer l’épidémie de Covid19, GENCI met à disposition des chercheurs académiques et industriels français ses moyens de calcul et de stockage pour leurs travaux de modélisation/simulation, traitement de données et usage de l’intelligence artificielle. 

 

Cela s'applique notamment à la recherche au niveau moléculaire pour comprendre les mécanismes utilisés par le virus et développer des vaccins et des thérapies, à la recherche épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie, et à d'autres approches connexes visant à comprendre et à stopper la pandémie.

 

Si vous êtes un chercheur intéressé par l'utilisation immédiate des ressources de GENCI situées dans les 3 centres nationaux de calcul (TGCC pour le CEA, IDRIS pour le CNRS et CINES pour les Universités) mais aussi par l’accompagnement de vos équipes de support,

 

vous pouvez nous contacter : 


Stéphane Requena

Directeur Technique de GENCI - stephane.requena@genci.fr  - tel : 0607728357 

 

 Supercalculateur Occigen        Supercalculateur Jean Zay       Supercalculateur Joliot-Curie

au CINES                                à l'IDRIS                                au TGCC              

 

 

 

Liste des projets

profitant déjà des ressources de calcul GENCI


ID Centre national Machine  Ressource CPU/GPU Responsable scientifique Projet scientifique laboratoire  principal National / PRACE 
1 CINES Occigen  14,8 Mh CPU Didier Rognan Criblage informatique inédit, permettant de tester virtuellement plus d'un milliard de molécules virtuelles. Un millier des meilleurs candidats seront synthétisés et testés en laboratoire pour leur aptitude à inhiber le SARS-CoV-2  Université de Strasbourg (laboratoire d'innovation Thérapeutique, UMR 7200) National
2 IDRIS Jean Zay (CPU) 0,5 Mh JZ CPU Pierre-yves Boelle / Vittoria Colizza Surveillance et modélisation de la transmission du virus   Institut Pierre Louis D’Épidémiologie et de santé publique / INSERM National
3 IDRIS Jean Zay (GPU et CPU)  50 kh JZ GPU et 2 Mh JZ CPU Jean-Philippe Piquemal Modélisation de drug design (Solution médicamenteuse)
Modélisation du complexe protéique formé entre la protéine S du COVID 19 et le récepteur cellulaire ACE2 ainsi qu'une protéase
Sorbonne université National
4 IDRIS Jean Zay (GPU) 35 kh JZ GPU Antonio Monari SeekAndDestroy: Recherche d'antiviraux par simulation moléculaire des complexes protéiques du SARS-COV-2; modélisation et simulation moléculaires pour la compréhension de 2 protéines du SARS-COV-2 responsables de la pandémie; Compréhenion de la résistance de la protéine SUD (SARS unique Domain) au système immunitaire CNRS UMR7019 et Université de Lorraine National
5 IDRIS Jean Zay (GPU) 10 kh JZ GPU Mounir Tarek Simulation dynamique moléculaire de la chloroquine CNRS UMR7019 National
6 IDRIS Jean Zay (GPU) 10 kh JZ GPU Mustafa Tekpinar Modelisation de l'intéraction de protéase SARS-COV-2 avec différents molécules médicamenteuses; Objectif:  Comprendre la stabilité du processus sur des temps de l'ordre de la microseconde Institut Pasteur National
7 CINES Occigen 1 Mh CPU Elisa Frezza Étude de la  protéine helicase du sars-cov2 Université de Paris 
 Cible Thérapeutique et Conception de Médicaments UMR 8038 CNRS
National
8 IDRIS Jean Zay (GPU et CPU) 10 kh JZ GPU et 1 Mh JZ CPU Guillaume Herlem modélisation moléculaire de la protéase de la protéine S du COVID-19 qui vient s’accrocher au récepteur ACE2 de la cellule hôte (humaine).      Laboratoire NanoMédecine, Imagerie, Thérapeutique EA 4662 / Besancon National
9 TGCC Joliot-Curie (AMD et V100) 20 Mh sur AMD et 150kh sur V100 Jean-Philippe Piquemal COVID-HP Sorbonne université via PRACE
10 TGCC Joliot-Curie (AMD) 16 Mh Evangelos Daskalakis Epitope vaccines based on the dynamics of mutated SARS-CoV-2 proteins at all atom resolution  Dep. of Chemical Engineering, Cyprus University of Technology, Cyprus via PRACE
11 TGCC Joliot-Curie (AMD) 15 Mh Gerrit Groenhof COVID19: Computational screening and improvement of viral protein inhibitors University of Jyväskylä, Finland via PRACE
12 TGCC Joliot-Curie (AMD) 7,8 Mh Jazmín Aguado Sierra CardioVascular-COVID BSC, Spain via PRACE
13 IDRIS Jean Zay (GPU) 10 kh JZ GPU Cyril Dousson, Thierry Convard Coronavirus en modélisation moléculaire + AI  AI-BioPharma National
14 TGCC Joliot Curie (KNL) 40 Mh Juan Torras Computational study to guide the development of new SARS-CoV-2 detection hyper-spectral platforms UPC, Barcelona via PRACE
15 IDRIS Jean Zay (CPU et GPU) 20 kh JZ GPU et 0,1 Mh JZ CPU Bernard Maigret 1) recherche de peptide bloqueurs de l'interaction entre la protéine spike virale et son récepteur ACE2 par dynamique moléculaire sur le complexe spike viral/ récepteur ACE2, 2) recherche de molécules organiques "PPI blockers" par criblage virtuel de chimiothèques rassemblant des molécules existantes, 3) validation de l'hypothèse concernant le rôle des antagonistes de l'ACE2 sur la liaison entre cette protéine et le spike viral, 4) recherche de molécules innovantes à l'aide des techniques d'IA Inria National
16 TGCC Joliot-Curie (AMD) 10 Mh Guillaume Balarac Évaluation des risques de contamination dans la perspective d'un déconfinement (distance entre les personnes, effet des masques etc) LEGI et CORIA  National
17 IDRIS Jean Zay (GPU) 10 kh JZ GPU Emilie Chouzenoux Étude COVID : Machine Learning appliqué à imagerie pulmonaire Inria et Supelec National
18 CINES Occigen   Jean Christophe Avarre Adaptive role of minority variants in the emerging CoVid19 epidemic IRD National
19 IDRIS Jean Zay (GPU et CPU) 100 kh JZ GPU et 1 Mh JZ CPU Fabrizio Cleri DNA/RNA/protein interactions for fast anti-viral screening  IEMN, LIMMS-CNRS Tokyo, CPT-CNRS Marseille National
20 TGCC Joliot-Curie (AMD) 15 Mh Thierry Deutsch, L.Genovese, M.Masella Advanced protein/ligand binding energy estimator : Understanding the microscopic factors favoring/disfavoring the interaction of the SARS-CoV-2 with new drug inhibitors. CEA National
21 CINES Occigen 130 kh CPU Gary Manon Piecewise quadratic growth during the 2019 novel coronavirus epidemic IAP National
22 TGCC Joliot-Curie (AMD) 20 Mh Gaetano Sardina COVID-DROPLETS Department of Mechanics and Maritime Sciences, Chalmers University of Technology, Sweden Via PRACE
23 TGCC Joliot-Curie (AMD) 6 Mh Modesto Orozco Exploring Covid19 Infectious Mechanisms and Host Selection Process Structural and Computational Biology Program, Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Spain Via PRACE
24 TGCC Joliot-Curie (AMD) 1 Mh Patrick Guterl, Etienne Decroly Criblage de molécules candidates dans le cadre projet ANR TAMAC Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC UMR7178) National
25 IDRIS Jean Zay   Pachka Hammami Modélisation de la pandémie  UVSQ et Institut Pasteur  National
26 TGCC Joliot Curie (V100) 150 Kh Demande spéciale DGA COVID-19 Projet COVOICE Direction Générale de l'Armement (DGA) National
27 IDRIS Jean Zay (GPU) 10 kh JZ GPU Olivier Dehaene  Développer un extracteur de features spécifique à la tomodensitométrie (CT Scan), afin d’aider la recherche sur le COVID 19  Owkin National
28 TGCC Joliot-Curie (AMD) 50 kh A. Duval et K. Petrov Agent-based modeling pour modélisation pandémie dans EPAHD Institut Pasteur  National
29 CINES Occigen    Gautier Moroy Modélisation moléculaire lien sars-cov-2 / surface des cellules humaines Laboratoire "Biologie Fonctionnelle et Adaptative", CNRS UMR 8251 National
30 TGCC Joliot-Curie (AMD) 1 Mh Stephane Zaleski NANODROP Sorbonne université Via PRACE
31 IDRIS Jean Zay (GPU) 100 kh JZ GPU    Fidan Sumbul, Felix Rico DIS-Covid19 - Dynamics and interaction strength of SARS-CoV2-S and hACE2 complex via Molecular Dynamics Simulations INSERM et Aix-Marseille Université National
32 CINES Occigen  0,5 Mh CPU Ronan Bureau et Patrick Dallemagne Criblage de large base de données sur des cibles biologiques spécifiques du COVID-19, à partir de la protéase principale  et de la protéine spike comme bases structurales. Objectif : identifier près de 10000 composés susceptible de répondre sur le virus.  INSERM et Université de Caen National
33 TGCC Joliot-Curie (AMD) 500 kh Sergey Grudinin Criblage Virtuel contre Covid-19 : projet COVID Jedi Inria National
34 TGCC Joliot-Curie (AMD) 20 Mh Kresten Lindorff-Larsen COVID-RNA Department of Biology, University of Copenhagen, Denmark via PRACE
35 TGCC Joliot-Curie (AMD) 10 Mh Florent Duchaine CFDforCOVID CERFACS, France via PRACE
36 IDRIS Jean Zay (GPU) 50 kh Stéphanie Baud et Pierre Darme High-Throughput COmputational identificaion of Viral Inhibitors Designed to tackle COVID19 URCA Reims National