Projets contre le Covid-19
Chercheurs, vos projets de lutte contre le Covid
peuvent profiter des ressources de calcul en accès prioritaire
Dans le cadre des efforts de recherche menés au niveau national pour endiguer l’épidémie de Covid19, GENCI [1] met à disposition des chercheurs académiques et industriels français ses moyens de calcul et de stockage pour leurs travaux de modélisation/simulation, traitement de données et usage de l’intelligence artificielle.
Cela s'applique notamment à la recherche au niveau moléculaire pour comprendre les mécanismes utilisés par le virus et développer des vaccins et des thérapies, à la recherche épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie, et à d'autres approches connexes visant à comprendre et à stopper la pandémie.
Si vous êtes un chercheur intéressé par l'utilisation immédiate des ressources de GENCI [1] situées dans les 3 centres nationaux de calcul (TGCC [1] pour le CEA [1], IDRIS pour le CNRS [1] et CINES pour les Universités) mais aussi par l’accompagnement de vos équipes de support,
vous pouvez nous contacter :
Stéphane Requena
Directeur Technique de GENCI [1] - stephane.requena@genci.fr [2] - tel : 0607728357
Supercalculateur Occigen Supercalculateur Jean Zay Supercalculateur Joliot-Curie
au CINES [3] à l'IDRIS [4] au TGCC [5]
Liste des projets
profitant déjà des ressources de calcul GENCI
| ID | Centre national | Machine | Ressource CPU/GPU | Responsable scientifique | Projet scientifique | laboratoire principal | National / PRACE |
| 1 | CINES | Occigen | 14,8 Mh CPU | Didier Rognan | Criblage informatique inédit, permettant de tester virtuellement plus d'un milliard de molécules virtuelles. Un millier des meilleurs candidats seront synthétisés et testés en laboratoire pour leur aptitude à inhiber le SARS-CoV-2 | Université de Strasbourg (laboratoire d'innovation Thérapeutique, UMR 7200) | National |
| 2 | IDRIS | Jean Zay (CPU) | 0,5 Mh JZ CPU | Pierre-yves Boelle / Vittoria Colizza | Surveillance et modélisation de la transmission du virus | Institut Pierre Louis D’Épidémiologie et de santé publique / INSERM | National |
| 3 | IDRIS | Jean Zay (GPU et CPU) | 50 kh JZ GPU et 2 Mh JZ CPU | Jean-Philippe Piquemal | Modélisation de drug design (Solution médicamenteuse) Modélisation du complexe protéique formé entre la protéine S du COVID 19 et le récepteur cellulaire ACE2 ainsi qu'une protéase |
Sorbonne université | National |
| 4 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 35 kh JZ GPU | Antonio Monari | SeekAndDestroy: Recherche d'antiviraux par simulation moléculaire des complexes protéiques du SARS-COV-2; modélisation et simulation moléculaires pour la compréhension de 2 protéines du SARS-COV-2 responsables de la pandémie; Compréhenion de la résistance de la protéine SUD (SARS unique Domain) au système immunitaire | CNRS UMR7019 et Université de Lorraine | National |
| 5 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 10 kh JZ GPU | Mounir Tarek | Simulation dynamique moléculaire de la chloroquine | CNRS UMR7019 | National |
| 6 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 10 kh JZ GPU | Mustafa Tekpinar | Modelisation de l'intéraction de protéase SARS-COV-2 avec différents molécules médicamenteuses; Objectif: Comprendre la stabilité du processus sur des temps de l'ordre de la microseconde | Institut Pasteur | National |
| 7 | CINES | Occigen | 1 Mh CPU | Elisa Frezza | Étude de la protéine helicase du sars-cov2 | Université de Paris Cible Thérapeutique et Conception de Médicaments UMR 8038 CNRS |
National |
| 8 | IDRIS | Jean Zay (GPU et CPU) | 10 kh JZ GPU et 1 Mh JZ CPU | Guillaume Herlem | modélisation moléculaire de la protéase de la protéine S du COVID-19 qui vient s’accrocher au récepteur ACE2 de la cellule hôte (humaine). | Laboratoire NanoMédecine, Imagerie, Thérapeutique EA 4662 / Besancon | National |
| 9 | TGCC | Joliot-Curie (AMD et V100) | 20 Mh sur AMD et 150kh sur V100 | Jean-Philippe Piquemal | COVID-HP | Sorbonne université | via PRACE |
| 10 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 16 Mh | Evangelos Daskalakis | Epitope vaccines based on the dynamics of mutated SARS-CoV-2 proteins at all atom resolution | Dep. of Chemical Engineering, Cyprus University of Technology, Cyprus | via PRACE |
| 11 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 15 Mh | Gerrit Groenhof | COVID19: Computational screening and improvement of viral protein inhibitors | University of Jyväskylä, Finland | via PRACE |
| 12 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 7,8 Mh | Jazmín Aguado Sierra | CardioVascular-COVID | BSC, Spain | via PRACE |
| 13 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 10 kh JZ GPU | Cyril Dousson, Thierry Convard | Coronavirus en modélisation moléculaire + AI | AI-BioPharma | National |
| 14 | TGCC | Joliot Curie (KNL) | 40 Mh | Juan Torras | Computational study to guide the development of new SARS-CoV-2 detection hyper-spectral platforms | UPC, Barcelona | via PRACE |
| 15 | IDRIS | Jean Zay (CPU et GPU) | 20 kh JZ GPU et 0,1 Mh JZ CPU | Bernard Maigret | 1) recherche de peptide bloqueurs de l'interaction entre la protéine spike virale et son récepteur ACE2 par dynamique moléculaire sur le complexe spike viral/ récepteur ACE2, 2) recherche de molécules organiques "PPI blockers" par criblage virtuel de chimiothèques rassemblant des molécules existantes, 3) validation de l'hypothèse concernant le rôle des antagonistes de l'ACE2 sur la liaison entre cette protéine et le spike viral, 4) recherche de molécules innovantes à l'aide des techniques d'IA | Inria | National |
| 16 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 10 Mh | Guillaume Balarac | Évaluation des risques de contamination dans la perspective d'un déconfinement (distance entre les personnes, effet des masques etc) | LEGI et CORIA | National |
| 17 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 10 kh JZ GPU | Emilie Chouzenoux | Étude COVID : Machine Learning appliqué à imagerie pulmonaire | Inria et Supelec | National |
| 18 | CINES | Occigen | Jean Christophe Avarre | Adaptive role of minority variants in the emerging CoVid19 epidemic | IRD | National | |
| 19 | IDRIS | Jean Zay (GPU et CPU) | 100 kh JZ GPU et 1 Mh JZ CPU | Fabrizio Cleri | DNA/RNA/protein interactions for fast anti-viral screening | IEMN, LIMMS-CNRS Tokyo, CPT-CNRS Marseille | National |
| 20 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 15 Mh | Thierry Deutsch, L.Genovese, M.Masella | Advanced protein/ligand binding energy estimator : Understanding the microscopic factors favoring/disfavoring the interaction of the SARS-CoV-2 with new drug inhibitors. | CEA | National |
| 21 | CINES | Occigen | 130 kh CPU | Gary Manon | Piecewise quadratic growth during the 2019 novel coronavirus epidemic | IAP | National |
| 22 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 20 Mh | Gaetano Sardina | COVID-DROPLETS | Department of Mechanics and Maritime Sciences, Chalmers University of Technology, Sweden | Via PRACE |
| 23 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 6 Mh | Modesto Orozco | Exploring Covid19 Infectious Mechanisms and Host Selection Process | Structural and Computational Biology Program, Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Spain | Via PRACE |
| 24 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 1 Mh | Patrick Guterl, Etienne Decroly | Criblage de molécules candidates dans le cadre projet ANR TAMAC | Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC UMR7178) | National |
| 25 | IDRIS | Jean Zay | Pachka Hammami | Modélisation de la pandémie | UVSQ et Institut Pasteur | National | |
| 26 | TGCC | Joliot Curie (V100) | 150 Kh | Demande spéciale DGA COVID-19 | Projet COVOICE | Direction Générale de l'Armement (DGA) | National |
| 27 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 10 kh JZ GPU | Olivier Dehaene | Développer un extracteur de features spécifique à la tomodensitométrie (CT Scan), afin d’aider la recherche sur le COVID 19 | Owkin | National |
| 28 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 50 kh | A. Duval et K. Petrov | Agent-based modeling pour modélisation pandémie dans EPAHD | Institut Pasteur | National |
| 29 | CINES | Occigen | Gautier Moroy | Modélisation moléculaire lien sars-cov-2 / surface des cellules humaines | Laboratoire "Biologie Fonctionnelle et Adaptative", CNRS UMR 8251 | National | |
| 30 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 1 Mh | Stephane Zaleski | NANODROP | Sorbonne université | Via PRACE |
| 31 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 100 kh JZ GPU | Fidan Sumbul, Felix Rico | DIS-Covid19 - Dynamics and interaction strength of SARS-CoV2-S and hACE2 complex via Molecular Dynamics Simulations | INSERM et Aix-Marseille Université | National |
| 32 | CINES | Occigen | 0,5 Mh CPU | Ronan Bureau et Patrick Dallemagne | Criblage de large base de données sur des cibles biologiques spécifiques du COVID-19, à partir de la protéase principale et de la protéine spike comme bases structurales. Objectif : identifier près de 10000 composés susceptible de répondre sur le virus. | INSERM et Université de Caen | National |
| 33 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 500 kh | Sergey Grudinin | Criblage Virtuel contre Covid-19 : projet COVID Jedi | Inria | National |
| 34 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 20 Mh | Kresten Lindorff-Larsen | COVID-RNA | Department of Biology, University of Copenhagen, Denmark | via PRACE |
| 35 | TGCC | Joliot-Curie (AMD) | 10 Mh | Florent Duchaine | CFDforCOVID | CERFACS, France | via PRACE |
| 36 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 50 kh | Stéphanie Baud et Pierre Darme | High-Throughput COmputational identificaion of Viral Inhibitors Designed to tackle COVID19 | URCA Reims | National |
| 37 | IDRIS | Jean Zay (GPU) | 50kh | Robert Marino | Optimisation de médicaments sulfoximines contre SARS-COV-2 | QuBit Pharmaceuticals | National |
| 38 | TGCC | Joliot Curie (AMD) | 1 Mh | Simon Mendez | Simulation de la parole pour l'étude de la transmission de la COVID-19 lors de conversations | Université de Montpellier | National |